纪念《名侦探柯南》开播10周年，首次拍摄真人剧。 故事设定在天才高中生侦探工藤新一（小栗旬）吃药变小成为柯南之前，以新一和毛利兰（黑川智花）为中心展开。 新一收到一封写着“在修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。 由阵内孝则、西村雅彦等个性派演员出演的毛利小五郎和目暮警官等动画原班人马，也将成为一个看点。 以敏锐推力解决武术困难案件的高中生侦探工藤新一深受媒体青睐，也得到了警视厅目暮警官（西村雅彦）的赏识。新一的学校决定举办为期三天的修学旅行。但在出行前一天，新一收到一封内容为“修学旅行中，我将绑架你的同学”的挑战书。上面还写着“只要保护好同学就是你赢，否则要你奉还‘高中生侦探’的名号。提示是船上”。一行人将于第一天在湖上巡航一小时。 乘坐游船的除新一班级的30名学生之外，还有代理班主任北岛慎吾（府川亮），导游西田麻衣（水川浅美），还有船长东邦夫（松重丰）和船员南田恭介（西村和彦）。其间，小兰的好友园子（岩佐真悠子）由于晕船，在船内休憩室休息。但不久后就听到“啪沙”的激烈水花声，船上一片骚动。新一他们立即赶到休憩室，发现园子已失踪，室内留有争斗痕迹。 接手此案的县警搜查本部搜查负责人多摩川刑警（伊武雅刀）召开了搜查会议。由于园子是铃木财团的千金，被勒索赎金的可能性极高。学生们被安排住进现场附近的酒店。非常担心园子的小兰向开侦探事务所的父亲·毛利小五郎（阵内孝则）求助。其间，犯人竟大胆打来第二个绑架预告电话：“明天正午，我会再带走一个人”…。 新一班级的所有学生都被集中在酒店大厅，出入口全都上锁，更有多摩川刑警指挥的县警严阵以待。大家在紧张气氛中迎来了正午时分，酒店突然停电。虽然迅速恢复了供电，新一却发现身边的小兰忽然消失了…。